研究院设学术委员会与管理委员会。

学术委员会由同行专家、研究院学术带头人构成，主要负责研究院发展规划指导、科研方向审核、重点任务把握以及用人条件审议等职责。管理委员会是研究院常设机构，主要负责研究院日常管理等工作。

管理委员会设院长、副院长、院长助理。管理委员会下设科研管理及行政管理两套机构。其中科研管理机构设五个研究中心，实行主任负责制，分别设主任1名，负责相关方向的科研工作组织、应用技术研发、成果转化及产业孵化等工作。行政管理机构设综合办公室、人事管理部、教学管理部、对外合作部等4个部门，负责研究院的日常运行、人才引进、学生培养、对外合作等相关行政管理工作。