研究院与政府部门、学会组织、企业和国内外一流大学有着长期和广泛的科研合作交流。

• 政府部门

  交通运输部公路科学研究院、交通运输部路网监测与应急处置中心、公安部道路交通安全研究中心、公安部交通管理科学研究所；

  江苏省交通运输厅、江苏省公安厅交巡警总队；

  南京市发展与改革委员会、南京市公安局交通管理局、南京市交通运输局、南京市规划和自然资源局、南京市经济和信息化委员会、南京市信息中心等部门。研究院科研团队被江苏省委组织部、江苏省教育厅评为“江苏省创新团队”，被南京建邺区聘为“智能交通产业促进团”成员单位，被市政协聘为“南京智库联盟”成员单位。

• 学术组织

  中国公路学会、中国通信学会、中国人工智能学会。

• 企业

  江苏交通控股有限公司、江苏省高速公路联网营运管理中心、江苏宁沪高速公路股份有限公司、江苏沿江高速公路有限公司、江苏润扬大桥发展有限责任公司、江苏京沪高速公路有限公司、山东高速建设管理集团有限公司、百度公共政策研究院、腾讯云计算（北京）有限责任公司、北京大唐高鸿数据网络技术有限公司、中国移动通信集团有限公司江苏分公司、苏交科集团股份有限公司、华设设计集团股份有限公司、南京美慧软件有限公司、江苏智慧畅行交通科技有限公司、南京城市智能交通股份有限公司，重庆长安汽车股份有限公司等。

• 科研院校

  国内与清华大学、同济大学、上海交通大学、浙江大学、武汉大学、华南理工大学、大连理工大学、河海大学、南京理工大学、苏州大学、武汉理工大学、长安大学、北京交通大学、北京工业大学、北京科技大学、西南交通大学、江苏大学等，国外与美国威斯康星大学麦迪逊分校、密歇根大学、华盛顿大学、明尼苏达大学、罗格斯大学、圣塔克拉拉大学、西北大学、荷兰代尔夫特理工大学等国外学术机构，已建立长久良好的合作关系，保持着密切的学术联系，联合申请研究项目，进行合作研究，共同撰写和发表论文，学术互访，联合培养研究生等。